科學研究

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園藝類首個全基因變異數據庫發布
——西南大學发布柑橘的全基因组变异数据库CitGVD
发布时间:2020-02-05 07:52:15加入收藏打印

2020年2月1日,园艺领域TOP期刊Horticulture Research在线发表了西南大學欧洲杯比分投注(中国农业科学院欧洲杯比分投注)国家柑橘品种改良中心的题为‘CitGVD: a comprehensive database of citrus genomic variations’的研究論文。該研究報道了柑橘的全基因組變異數據庫CitGVD,這也是世界範圍內的第一個園藝類全基因變異數據庫。

柑橘是全世界最重要的商業水果作物之一。利用當前可用于柑橘類水果的大量基因組數據,可以開發分子標記和評估種質遺傳關系,服務于分子育種和全基因組選擇輔助育種。在這項研究中,爲方便訪問、利用和分享這些數據,該團隊開發了一個基于Web的數據庫,即柑橘基因組變異數據庫(CitGVD,http://citgvd.jianshen-qicai.cn),這是第一個針對柑橘且專用于全基因組變異數據和分析的綜合數據庫,包括單核苷酸多態性(SNP)和插入/缺失(INDEL)。CitGVD的當前版本(V1.0.0)是一種開放獲取資源,其資源是從內部項目和公共資源中挑選出來的346個種質的1,493,258,964個高質量基因組變異和84個表型。CitGVD集成了有關基因組變異注釋,相關基因注釋以及有關種質的詳細信息,並集成了多種內置工具來進行數據訪問和分析。例如,CitGWAS可用于具有SNP和表型數據的全基因組關聯研究(GWAS),而CitEVOL可用于遺傳結構分析。本數據庫是一個數據與工具的集成分析平台,爲柑橘的分子標記挖掘,分子標記輔助育種和分子設計育種提供數據支持。這些功能使CitGVD成爲用于柑橘相關研究的綜合Web門戶和生物信息學平台。它還爲構建其他農作物的全基因組變異數據平台提供了範例。


Fig. 1Workflow highlighting the development of CitGVD. a Data sources and pipelines to construct CitGVD. b Data processing procedures. This process included NGS data quality control, SNP calling and filtering.

本數據庫除了包含HOME(主頁),GENERAL(總述)和HELP(幫助)的信息板塊提供用戶該網站的簡介和使用幫助之外,還有三個功能板塊,他們分別是包含BROWSE(浏覽),SEARCH(檢索),DOWNLOAD(下載)的數據板塊,包括TOOLS(工具)和全局檢索的工具板塊,包括注冊和登陸的認證與管理板塊。通過數據板塊可以對數據庫中海量的分子標記數據,表型數據,基因數據,品種數據等進行浏覽獲取,多種檢索類型和參數檢索,迅速比對並獲取需要的信息,數據下載;工具板塊提供了諸多的分析工具,可以對表型數據進行分析,挖掘功能位點和基因,設計分子輔助育種引物等。

Fig. 4 Built-in pipelines. a Parameters of CitTRAIT. b Output of CitTRAIT. Min minimum value, Max maximum value, Mean mean value, SD standard deviation, Med median, CV coefficient of variation. c Parameters of CitEVOL. CitEVOL processes with built-in SNP data. In the calculation, the reference genome was first determined, and then the population structure, principal component analysis (PCA) results and phylogenetic trees can be analyzed. d Phylogenetic tree data were assessed with CitEVOL and visualized with MEGA V7.2. e Parameters of CitGWAS. Mmixed linear model (MLM) and general linear model (GLM) can be used for GWASs. f Manhattan plot output from CitGWAS. g QQ plot output from CitGWAS.

西南大學欧洲杯比分投注年轻教师李强博士为该数据库的创建者,也是本论文的第一作者,欧洲杯比分投注陳善春研究员和何永睿副研究员为共同通讯作者。该研究得到了国家重点研发计划(2018YFD1000306)和现代农业(柑橘)产业技术体系支持。本数据库已申请软件著作权登记(登记号:2020SR0040718)。

點擊這裏訪問:http://citgvd.jianshen-qicai.cn

重要參考文獻:

  • Xu, Q. et al. The draft genome of sweet orange (Citrus sinensis). Nat. Genet 45, 59–66 (2013).

  • Wang, J. et al. Citrus sinensis annotation project (CAP): a comprehensive database for sweet orange genome. PLoS ONE 9, e87723 (2014).

  • Bai, B. et al. DoGSD: the dog and wolf genome SNP database. Nucleic Acids Res. 43, D777–D783 (2015).

  • Luo, H. et al. Erratum to: SorGSD: a sorghum genome SNP database. Biotechnol. Biofuels 9, 37 (2016).

  • Zhao, H. et al. RiceVarMap: a comprehensive database of rice genomic variations. Nucleic Acids Res. 43, D1018–D1022 (2015).


THE END
  • 概 况
  • 所 徽
  • 立所精神

柑桔所成立于1960年,位于重慶市北碚區國家級風景名勝區缙雲山麓,風景秀麗的嘉陵江畔,毗鄰大磨灘濕地公園,占地面積1918畝,是唯一的國家級柑桔專業科研機構,正在打造國家柑桔公園。點擊查看【建所60周年工作回顧視頻】

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所徽“天圓地方”,反映中柑所人“壹志嘉樹”,以推進柑桔科技進步、産業發展爲立所根本之嚴謹風格和博大胸懷;核心的圓形簡潔勾畫出“柑桔”、形象反映出中柑所專注柑桔科研的行業特征;而圍繞主體的弧線代表了科技,象征著中柑所人“修遠求索”的治學態度,求真務實的科研精神;星形元素立意中柑所人志在建立一個“方圓”宇宙之間柑桔科研領域的一顆的明星,閃閃發光,惠澤全人類。

“壹志嘉树,修远求索”,分别选自中国历史上第一位伟大的爱国诗人屈原《橘颂》和《离骚》中的名句。这八个字是五十年来柑桔所人传承积淀下来的优良传统、精神风貌及办所理念的高度浓缩和凝炼提升,并与中国数千年博大精深的文化底蕴和人文精神相互交融辉映,寓意深远 ...